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醫學院2009年8月之目前共包含三個學系及四個研究所，其成立時間及名稱分別為：醫學系(1960年)、醫學檢驗暨生物技術學系(1975年)、醫務管理學系(1997年)及呼吸治療學系(2001年)；醫學研究所(1990年)、細胞及分子生物研究所(1994年)、醫學檢驗暨生物技術研究所(1998年)、醫學資訊研究所(1998年)、醫務管理研究所(2000年)、藥理學研究所(2002年)及醫學人文研究所(2003年)。醫學研究所、細胞及分子生物研究所設有博士班，是本校提昇醫學教育之主力。這些系所負擔基礎醫學、臨床醫學及應用醫學範疇之教學、研究及支援服務之任務。
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此外，神經科學研究所博士班在2005年成立，以訓練更多神經醫學之專業人才。為求取學院內資源整合、建立老師間更多研究合作管道、讓學生在研究領域上有更多選擇機會，乃於2007年將醫學研究所基礎組，細胞及分子生物研究所、藥理學研究所、醫學檢驗暨生物技術研究所碩士班及神經科學研究所整併成為醫學科學研究所。目前醫學科學研究所總共分成5組，微生物暨免疫組、分子藥理組、生物化學暨細胞分子生物組、細胞生理暨神經科學組、醫學檢驗暨生物技術組。
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2009年8月醫務管理學系及研究所轉歸屬於公共衛生暨營養學院。本學院目前總共有近二千位大學部學生，四百二十位研究生，專、兼任教師及臨床教員人數六百多人，佔整個臺北醫學大學師資的約三分之二及學生人數的約百分之四十，堪稱全校最大的學院。臺北醫學大學正在快速擴充及更新，本校醫學綜合大樓之10,018m2供本學院使用，另配合已經完成更新之解剖大樓及實驗大樓等，將擁有全新完整的實驗及教學空間。本學院亦著重學生人文精神與醫學領域的結合。在研究發展上，醫學院強調基礎與臨床研究群的合作、生物技術的創新及開發、醫務管理及醫學資訊與產業實質的合作，希望透過全院資源最充分有效的利用，提供師生最佳的研究學習環境，以培育醫學領域未來的中堅份子。本學院除持續增聘師資以降低生師比及增加教學品質外，醫學院也提供教師暑期至國外短期進修的補助，在硬體設施方面逐年更新。在未來工作將朝整合跨院科系之研究主題及結合研究團隊，以邁向國際化及追求卓越的目標作努力，為台灣的醫學教育提供獨特的貢獻。
(醫學院院長 曾啟瑞 文 2009年8月10日)
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